Если, уплатив госпошлину, вы не обратились за услугой в уполномоченный орган, то эту госпошлину можно вернуть. Если же услуга, за которую вы уплатили пошлину, оказана, но ее результат вас не устроил, например, вы получили отказ в выдаче лицензии, то на возврат пошлины рассчитывать не стоит.
Свою позицию налоговая служба подкрепила ссылкой на Постановление КС РФ о 23.05.2013 г. №11-П.
Источник: Письмо ФНС
от 02.09.2013 г. №ММВ-18-15/970